Biodiversité : le projet de décret relatif à la mise en œuvre différée des mesures de compensation est soumis à consultation publique

Le ministère de la transition écologique a ouvert, du 20 octobre au 15 novembre 2026, une consultation publique sur un projet de décret en Conseil d’État relatif aux modalités de mise en œuvre différée des mesures de compensation des atteintes à la biodiversité. Ce projet est pris pour l’application de l’article 42 de la loi n°2026-403 du 26 mai 2026 de simplification de la vie économique. Il prévoit la création d’un article R. 163-15 dans le code de l’environnement. Ce texte définit aussi les conditions dans lesquelles l’autorité administrative pourrait autoriser un maître d’ouvrage à mettre en œuvre ses mesures de compensation après le début des atteintes. Analyse. Par Arnaud Gossement, avocat et professeur associé à l’université Paris I Panthéon-Sorbonne.

Résumé

8 août 2016 : la loi n° 2016-1087 du 8 août 2016 pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages a créé l’article L.163-1 du code de l’environnement. Les mesures de compensation répondent à une obligation de résultat et doivent être effectives pendant toute la durée des atteintes.

26 mai 2026 : l’article 42 de la loi n° 2026-403 du 26 mai 2026 de simplification de la vie économique permet, à certaines conditions, de compenser les pertes nettes intermédiaires de biodiversité « dans un délai raisonnable« . Il renvoie à un décret en Conseil d’État le soin de déterminer les modalités d’application de l’article L. 163-1.

20 octobre 2026 : le projet de décret a été soumis à consultation publique jusqu’au 15 novembre 2026.

Le projet de décret prévoit :

• la création d’un article R. 163-15 au sein du code de l’environnement ;
• la création de cinq critères d’appréciation du caractère raisonnable et écologiquement pertinent du « délai raisonnable » ;
• l’obligation pour le demandeur de justifier le recours à la mise en œuvre différée de son obligation de compensation ainsi que le délai sollicité ;
• le contenu de l’autorisation : mesures différées, implantations ou unités acquises, délai, échéances intermédiaires, résultats visés et mesures complémentaires ;
• la transmission d’un rapport de réalisation dans les quatre mois suivant l’achèvement des mesures ;
• l’application du dispositif à l’autorisation environnementale et à toute autre catégorie d’arrêté préfectoral autorisant un projet sous réserve de mesures de compensation ;
• une entrée en vigueur le lendemain de la publication du décret.

I. La genèse du projet de décret

La séquence « éviter, réduire, compenser ». La compensation des atteintes à la biodiversité constitue la dernière étape de la séquence « éviter, réduire, compenser ». Le 2° du II de l’article L. 110-1 du code de l’environnement définit cette séquence dans les termes suivants : « Ce principe implique d’éviter les atteintes à la biodiversité et aux services qu’elle fournit ; à défaut, d’en réduire la portée ; enfin, en dernier lieu, de compenser les atteintes qui n’ont pu être évitées ni réduites, en tenant compte des espèces, des habitats naturels et des fonctions écologiques affectées ; Ce principe doit viser un objectif d’absence de perte nette de biodiversité, voire tendre vers un gain de biodiversité » (cf. article L. 110-1 du code de l’environnement).

L’article L.163-1 du même code définit les mesures de compensation. Il s’agit des mesures rendues obligatoires par un texte législatif ou réglementaire pour compenser, dans le respect de leur équivalence écologique, les atteintes prévues ou prévisibles à la biodiversité occasionnées par un projet, une activité ou un document de planification (cf. article L. 163-1 du code de l’environnement).

La loi n° 2016-1087 du 8 août 2016 pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages. L’article 69 de la loi n° 2016-1087 du 8 août 2016 a créé l’article L. 163-1 du code de l’environnement. Jusqu’au 28 mai 2026, le second alinéa du I de cet article était ainsi rédigé : « Les mesures de compensation des atteintes à la biodiversité visent un objectif d’absence de perte nette, voire de gain de biodiversité. Elles doivent se traduire par une obligation de résultats et être effectives pendant toute la durée des atteintes. Elles ne peuvent pas se substituer aux mesures d’évitement et de réduction. Si les atteintes liées au projet ne peuvent être ni évitées, ni réduites, ni compensées de façon satisfaisante, celui-ci n’est pas autorisé en l’état. » (cf. article L. 163-1 du code de l’environnement, version en vigueur du 25 octobre 2023 au 28 mai 2026) (nous soulignons).

Les mesures de compensation devaient donc être effectives pendant toute la durée des atteintes (sans possibilité d’en différer la réalisation). Selon la note de présentation du projet de décret, certaines contraintes techniques, foncières ou écologiques font toutefois obstacle à la mise en œuvre des mesures de compensation avant le début des atteintes (cf. note de présentation du projet de décret). La question de la maîtrise foncière des terrains d’assiette des mesures compensatoires avait déjà fait l’objet d’une analyse du cabinet (cf. Gossement Avocats, 10 janvier 2022).

1.2. La modification de la rédaction de l’article L. 163-1 du code de l’environnement par la loi du 26 mai 2026

Le projet de loi de simplification de la vie économique a été déposé au Sénat sous le n° 550 (2023-2024). Le Gouvernement a engagé la procédure accélérée. Le texte a été définitivement adopté par le Sénat le 15 avril 2026, après réunion d’une commission mixte paritaire (cf. travaux préparatoires de la loi n° 2026-403 du 26 mai 2026). Notre cabinet avait commenté la disposition relative à la compensation lors de l’examen du projet de loi par l’Assemblée nationale (cf. Gossement Avocats, 7 avril 2025).

Le 1° de l’article 42 de la loi du 26 mai 2026 a remplacé les deux premières phrases du second alinéa du I de l’article L. 163-1 par la phrase suivante : « Elles visent à éviter les pertes nettes de biodiversité pendant toute la durée des atteintes ou, à défaut, lorsque la complexité ou les délais nécessaires à leur mise en œuvre ne le permettent pas, à compenser les éventuelles pertes nettes intermédiaires dans un délai raisonnable, pertinent d’un point de vue écologique et indiqué dans l’arrêté d’autorisation environnementale du projet, en visant, à l’expiration de ce délai le cas échéant, une absence de perte nette, voire un gain de biodiversité. » (cf. article 42 de la loi n° 2026-403 du 26 mai 2026) (nous soulignons).

Cette nouvelle rédaction emporte les conséquences suivantes :

• l’objectif d’éviter les pertes nettes pendant toute la durée des atteintes demeure le principe
• une dérogation est ouverte lorsque la complexité ou les délais de mise en œuvre des mesures ne permettent pas d’atteindre cet objectif. les mots « obligation de résultats » et « effectives pendant toute la durée des atteintes » ne figurent plus dans le texte.

Le 2° du même article 42 a modifié la dernière phrase du II de l’article L. 163-1. Un décret en Conseil d’État « détermine » désormais les modalités d’application de l’ensemble de l’article, et non plus du seul alinéa (cf. article 42 de la loi n° 2026-403 du 26 mai 2026). Le projet de décret soumis à consultation publique a été préparé sur ce fondement.

Des députés ont soutenu devant le Conseil constitutionnel que ces dispositions méconnaissaient les articles 3 et 4 de la Charte de l’environnement. Ils faisaient valoir qu’elles permettaient de différer la mise en œuvre des mesures de compensation et supprimaient l’exigence d’une obligation de résultat. Le Conseil constitutionnel a écarté ce grief. Il a notamment jugé : « D’autre part, le maître d’ouvrage reste tenu de compenser ces pertes dans un délai raisonnable, qui est fixé par l’autorité administrative dans l’arrêté d’autorisation environnementale et doit être pertinent d’un point de vue écologique afin de ne pas compromettre l’effectivité de cette compensation. Les mesures prises à cette fin doivent viser, à l’expiration du délai, une absence de perte nette, voire un gain de biodiversité. À défaut, le maître de l’ouvrage s’expose, en application de l’article L. 163-4 du code de l’environnement, à des mesures d’exécution d’office, des prescriptions complémentaires et une amende. » (cf. Conseil constitutionnel, décision n° 2026-903 DC du 21 mai 2026, paragraphe 73).

Le Conseil constitutionnel a relevé que la compensation différée ne peut être autorisée que lorsque la complexité ou les délais de mise en œuvre ne permettent pas d’éviter les pertes nettes (paragraphe 72). Il en a déduit que ces dispositions n’ont ni pour objet ni pour effet de remettre en cause l’obligation de compensation pesant sur le maître d’ouvrage (paragraphe 74). Il a déclaré conforme à la Constitution la première phrase du second alinéa du I de l’article L. 163-1 (paragraphe 76). Les sanctions évoquées par le Conseil constitutionnel sont prévues par l’article L. 163-4 du code de l’environnement.

La note de présentation du projet de décret mentionne le « maintien de l’obligation de résultat ». Elle se fonde sur la décision du Conseil constitutionnel et sur les directives « Habitats » et « Oiseaux » (cf. note de présentation). Il convient de relever que l’expression « obligation de résultats » n’apparaît plus dans l’article L. 163-1 depuis l’entrée en vigueur de la loi du 26 mai 2026.

II. Les points à retenir du projet de décret

Le projet de décret comporte deux articles. L’article 1er prévoit l’insertion d’un article R. 163-15 dans le code de l’environnement. L’article 2 est l’article d’exécution. Le projet d’article R. 163-15 comporte trois paragraphes (cf. projet de décret).

2.1 Les conditions de la mise en œuvre différée des mesures de compensation

Les cinq critères d’appréciation du délai.Le projet d’article R. 163-15 I prévoit plusieurs critères au regard desquels le délai serait apprécié :

« I. Dans le cadre défini au second alinéa du I de l’article L. 163-1, l’autorité administrative compétente peut autoriser la réalisation de mesures compensatoires dans un délai raisonnable et pertinent d’un point de vue écologique, qui est apprécié au regard :

1° de la nature, de l’importance, de la durée et de la réversibilité des atteintes à la biodiversité occasionnées par le projet ;

2° de l’état de conservation des espèces et habitats concernés et de leur capacité de résilience, ainsi que des contraintes liées aux cycles biologiques des espèces, aux fonctionnalités des habitats ou aux périodes favorables à la réalisation des travaux ;

3° de la nature et de la complexité des mesures de compensation à mettre en œuvre, notamment lorsqu’elles nécessitent des travaux de restauration écologique ou de génie écologique ;

4° des délais requis pour établir les actes avec les propriétaires et exploitants permettant la mise en œuvre des mesures sur des parcelles préalablement identifiées, ou pour procéder à l’acquisition d’unités de compensation, de restauration et de renaturation, à l’exclusion de toute phase de recherche ou de prospection foncière ;

5° de la capacité des mesures de compensation envisagées, y compris par des mesures intermédiaires, à produire à l’échéance fixée une absence de perte nette, voire un gain de biodiversité. Cette capacité est appréciée au regard du degré de pertes nettes intermédiaires pour ces éléments, notamment les populations locales des espèces affectées le cas échéant. »

(cf. I du projet d’article R. 163-15 du code de l’environnement (projet), projet de décret).

Plusieurs observations peuvent être formulées.

• Le projet de décret reprend les termes de la loi. Le délai devrait être « raisonnable » et « pertinent d’un point de vue écologique ». Il ne prévoit aucune durée maximale. Il ne précise pas non plus la pondération des cinq critères.
• Le 4° concerne la maîtrise foncière. Selon le projet, le délai pourrait couvrir la conclusion des actes avec les propriétaires et exploitants. Il pourrait aussi couvrir l’acquisition d’unités de compensation, de restauration et de renaturation. Les parcelles devraient toutefois être « préalablement identifiées ». Le projet de décret prévoit d’exclure toute phase de recherche ou de prospection foncière. Il ne précise pas la date à laquelle l’identification des parcelles devrait être acquise. La page de présentation de la consultation publique évoque l’exclusion de toute phase de prospection foncière « postérieure à l’autorisation » (cf. page de la consultation publique).
• Le 5° prévoit la prise en compte des pertes nettes intermédiaires. La seconde phrase du 5° se réfère à « ces éléments ». Le projet ne précise pas à quels éléments exacts renvoie cette expression.

Le champ d’application. Le III du projet d’article R. 163-15 précise quelles sont les autorisations concernées :

« III. Les autorisations visées par le présent article comprennent les autorisations environnementales prévues à l’article L. 181-1 du code de l’environnement, ainsi que tout autre catégorie d’arrêté préfectoral autorisant le projet sous réserve de mesures de compensation. » (cf. III du projet d’article R. 163-15 du code de l’environnement (projet), projet de décret).

La page de présentation de la consultation cite, à titre d’exemples, les dérogations relatives aux espèces protégées et les autorisations de défrichement (cf. page de la consultation publique).

2.2 Le dossier, l’autorisation et le suivi

La double justification à produire dans le dossier de demande. Le projet d’article R. 163-15 II prévoit une double justification que doit contenir le dossier de demande d’autorisation : « II. Le dossier de demande d’autorisation comporte une justification, d’une part, du recours à la mise en œuvre différée des mesures de compensation au regard des conditions prévues par l’article L. 163-1 et, d’autre part, du délai sollicité. Le contenu des éléments à produire est proportionné à la nature et à l’importance des atteintes à la biodiversité ainsi qu’aux enjeux de conservation des espèces, des habitats et des fonctions écologiques concernés. » (cf. II du projet d’article R. 163-15 du code de l’environnement (projet), projet de décret).

Le contenu de l’autorisation et le rapport de réalisation. Le même Le projet d’article R. 163-15 II pourrait comporter les dispositions suivantes relatives au contenu de l’autorisation : « L’autorisation précise les mesures de compensation dont la mise en œuvre est différée ainsi que leurs implantations ou, le cas échéant, la liste et l’identification des unités de compensation, de restauration et de renaturation acquises, le délai dans lequel ces mesures doivent être mises en œuvre, les échéances intermédiaires, les résultats qu’il est visé d’atteindre et, le cas échéant, les mesures complémentaires prévues pour prévenir ou compenser les pertes nettes intermédiaires de biodiversité. Le bénéficiaire de l’autorisation transmet à l’autorité administrative compétente un rapport de réalisation des mesures de compensation dans un délai de quatre mois suivant leur achèvement. » (cf. II du projet d’article R. 163-15 du code de l’environnement (projet), projet de décret).

Selon le projet, l’autorisation devrait ainsi comporter six catégories de mentions : les mesures différées, leur implantation ou les unités acquises, le délai, les échéances intermédiaires, les résultats visés et, le cas échéant, les mesures complémentaires. Le bénéficiaire devrait transmettre un rapport de réalisation dans les quatre mois suivant l’achèvement des mesures. Le non-respect de ces prescriptions pourrait donner lieu à l’application de l’article L. 163-4 du code de l’environnement.

A noter, le projet de décret prévoit une entrée en vigueur au lendemain de sa publication. Le public peut déposer ses observations sur le site des consultations publiques du ministère jusqu’au 15 novembre 2026 (cf. page de la consultation publique).

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