Pesticides : le Gouvernement réduit l’indépendance de l’Agence nationale chargée de la sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (ANSES – décret n° 2025-629 du 8 juillet 2025)

Par un décret n°2025-629 du 8 juillet 2025 portant diverses dispositions relatives à l’autorisation des produits phytopharmaceutiques, le Gouvernement a imposé par voie réglementaire une mesure qu’il n’avait pas réussi à imposer par voie législative, lors de la discussion de la « loi Duplomb ». Cette mesure consiste à créer une « procédure de priorisation des dossiers de demande d’autorisation de mise sur le marché de produits phytopharmaceutiques ». Une procédure qui, en droit et dans les faits, peut permettre au ministre de l’agriculture d’exercer une pression supplémentaire sur le directeur de l’agence nationale chargée de la sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (ANSES), lorsque celui-ci se prononce sur une demande d’autorisation de produits phytopharmaceutiques (pesticides). Décryptage.

Pour mémoire, l’Agence nationale chargée de la sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (ANSES) est un établissement public de l’Etat à caractère administratif. Aux termes de l’article L.1313-1 du code de la santé publique, cette Agence « met en œuvre une expertise scientifique indépendante et pluraliste« . Il convient de souligner ici le terme « indépendance » qui est bien au nombre des qualités de la mission ainsi affectée à l’ANSES.

I. Le pouvoir d’autorisation des produits phytopharmaceutiques du directeur de l’ANSES

Cette agence est notamment chargée d’instruire les demandes d’autorisation de mise sur le marché ou d’expérimentations des produits phytophamaceutiques (pesticides). L’article L.1313-1 précité précise en effet  : « Elle exerce, pour les produits phytopharmaceutiques et les adjuvants mentionnés à l’article L. 253-1 du code rural et de la pêche maritime, ainsi que pour les matières fertilisantes, adjuvants pour matières fertilisantes et supports de culture mentionnés à l’article L. 255-1 du même code, des missions relatives à la délivrance, à la modification et au retrait des différentes autorisations préalables à la mise sur le marché et à l’expérimentation« .

Les conditions d’autorisation de la mise sur le marché et de l’utilisation des produits phytopharmaceutiques sont définies aux articles R.253-1 à D.253-54-4 du code rural et de la pêche maritime. Dans cette procédure d’autorisation, le rôle de l’ANSES est décrit à l’article R.253-5 du code rural et de la pêche maritime. Le pouvoir d’autoriser ou de refuser d’autoriser un produit phytopharmaceutique est confié au directeur de cette agence :

En commission mixte paritaire, députés et sénateurs ont trouvé un accord pour ne pas retenir le projet, défendu par le Gouvernement, de création d’une procédure de priorisation des usages. Ils ont préféré conserver, à l’article 2 de la proposition de loi, la disposition portant création d’un nouvel article L.253-1-1 du code rural pour préciser les conditions d’autorisation d’un produit phytopharmaceutique au titre de la reconnaissance mutuelle prévue à l’article 40 du règlement (CE) n° 1107/2009 du Parlement européen et du Conseil du 21 octobre 2009 concernant la mise sur le marché des produits phytopharmaceutiques.

Cet nouvel article précise que, dans ce cadre,

• L’ANSES tient compte des circonstances agronomiques, phytosanitaires et environnementales, y compris climatiques, qui prévalent sur le territoire national et qui n’ont pas été prises en compte dans l’évaluation effectuée par l’État membre de référence. Des informations relatives à ces circonstances peuvent être transmises à l’agence, à son initiative ou à celle du demandeur, dans le délai imparti à l’article 42 du même règlement règlement (CE) n° 1107/2009 du 21 octobre 2009
• Afin de tenir compte des conditions agronomiques, phytosanitaires et environnementales, y compris climatiques, des zones d’utilisation envisagées, le directeur général de l’ANSES peut assortir l’autorisation qu’il délivre au titre de la reconnaissance mutuelle de conditions ou de restrictions d’emploi s’ajoutant à celles de l’autorisation délivrée par l’État membre de référence. Aux mêmes fins, il peut exclure certaines zones du territoire national de l’autorisation d’emploi.

Ces dispositions ne posent pas de difficulté particulière sur le plan environnemental et sanitaire et n’ont pas pour effet de réduire l’indépendance du directeur de l’ANSES lorsqu’il instruit une demande d’autorisation de mise sur le marché d’un produit phytopharmaceutique.

Malheureusement, le Gouvernement a décidé d’imposer par décret ce qu’il n’a pas réussi à imposer dans la loi.

IV. Le Gouvernement impose par décret la procédure de priorisation qu’il n’a pas pu imposer dans la « loi Duplomb »

Par un décret n° 2025-629 du 8 juillet 2025 portant diverses dispositions relatives à l’autorisation des produits phytopharmaceutiques, le Gouvernement a finalement fait passer par voie réglementaire ce qu’il n’avait pas réussi à faire passer par voie législative. L’article 1er de ce décret insère un nouvel article R. 253-5-1 au sein du code rural pour, précisément, créer cette procédure de priorisation des dossiers de demande d’autorisation de mise sur le marché de produits phytopharmaceutiques. Il convient de préciser ici que, si le Conseil d’Etat a pu se prononcer sur la valeur législative ou réglementaire de cette mesure, il ne s’est certainement pas prononcé sur son opportunité.

A. Les caractéristiques de la procédure de priorisation

Les étapes de cette procédure sont les suivantes.

En premier lieu, le ministre de l’agriculture doit définir, par arrêté, le catalogue national des usages phytopharmaceutiques, qui répertorie les usages pouvant être autorisés pour les produits phytopharmaceutiques et adjuvants. Ces usages correspondent, en principe, à l’association d’un végétal, d’un produit végétal ou d’une famille de végétaux avec un ravageur, un groupe de ravageurs, une maladie ou un groupe de maladies contre lesquels les produits phytopharmaceutiques sont dirigés, ainsi qu’avec une fonction ou un mode d’application de ces produits.

En deuxième lieu, le ministre de l’agriculture peut établir, par un arrêté pris après avis de l’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, la liste des usages ayant pour objet de lutter contre des organismes nuisibles ou des végétaux indésirables affectant de manière significative le potentiel de production agricole et alimentaire et contre lesquels les moyens de lutte sont inexistants, insuffisants ou susceptibles de disparaître à brève échéance, dans la limite de quinze pour cent des usages répertoriés dans le catalogue national des usages phytopharmaceutiques.

L’expression « usage prioritaire » n’est plus ici reprise mais l’objet de cet arrêté sera bien de définir des usages considérés comme prioritaires puisque dépourvues de toute alternative. Et donc de créer une forme de présomption d’intérêt général au bénéfice des produits phytopharmaceutiques correspondant à ces usages.

En troisième lieu, lorsqu’il se prononcera sur une demande d’autorisation de mise sur le marché d’un produit phytopharmaceutique, le directeur de l’ANSES devra « tenir compte« , lors de l’établissement du « calendrier d’examen » de ces demandes, de cet arrêté par lequel le ministre de l’agriculture aura défini une liste d’usages prioritaires.

Le texte exact de ce troisième alinéa du nouvel article R. 253-5-1 du code rural et de la pêche maritime est le suivant : « Le directeur général de l’Agence tient compte, dans le calendrier d’examen des demandes d’autorisation de mise sur le marché des produits phytopharmaceutiques et des adjuvants vendus seuls ou en mélange ainsi que des demandes de modification, de renouvellement ou de retrait d’une telle autorisation, de l’arrêté mentionné au deuxième alinéa du présent article. »

B. La réduction de l’indépendance de l’ANSES

La conséquence de la création de cette procédure de prioritaire est de réduire l’indépendance de l’ANSES et de son directeur lorsque ce dernier doit instruire une demande d’autorisation de mise sur le marché d’un produit phytopharmaceutique. Et ce, pour les motifs suivants.

Sur le plan politique et administratif, cet article peut permettre au ministre de l’agriculture de faire pression sur le directeur de l’agence. Ce dernier est en effet non pas directement obligé mais fortement encouragé  :

• d’une part, à instruire en priorité les demandes d’autorisation de produits phytopharmaceutiques figurant sur la liste des usages prioritaires définie par le ministre de l’agriculture, par arrêté. Autant de temps en moins, par exemple, pour les dossiers de refus d’autorisation ou d’encadrement de l’utilisation des produits phytopharmaceutiques.
• d’autre part, à instruire avec bienveillance ces demandes dés lors qu’elles portent sur des produits correspondant à des usages prioritaires.

Sur le plan juridique, ce décret n’est pas sans conséquences sur la légalité d’une décision de refus en créant une double obligation de motivation à la charge du directeur de l’Agence. Certes, l’obligation de « tenir compte » qui est mise à la charge du directeur de l’ANSES ne l’oblige pas directement à autoriser un produit phytopharmaceutique. Toutefois, ce dernier est désormais obligé, en quelque sorte, de se justifier bien davantage s’il souhaite prendre une décision de refus d’autorisation.

• D’une part, le décret oblige le directeur de l’ANSES, non pas à autoriser mais à motiver avec soin son éventuelle décision de refus d’autorisation au regard de l’arrêté du ministre de l’agriculture sur la liste des usages. En d’autres termes, le directeur devra plus précisément expliquer pour quels motifs il refuse l’autorisation et cette motivation pourra ensuite discutée, soit par le ministre de l’agriculture, soit devant le juge administratif.
• D’autre part, le décret oblige aussi le directeur de l’ANSES à se justifier quant à la date de sa décision en expliquant comment il aura « tenu compte » de l’arrêté du ministre de l’agriculture sur la liste des usages.

Plus l’obligation de motivation des décisions de refus d’autorisation est importante, plus elle sera discutée ensuite, soit par un ministre, soit devant le juge administratif puis contrôlée par ce dernier.

Il convient de rappeler que les décisions prises par le directeur général peuvent, dans certains cas, faire l’objet d’une opposition de la part d’un ministre (cf. article L.1313-5 du code de la santé publique). Ainsi, le ministre chargé de l’agriculture peut s’opposer, par arrêté motivé, à une décision du directeur général prise en application du onzième alinéa de l’article L. 1313-1 du code de la santé publique (autorisation des produits phytopharmarceutiques) et lui demander de procéder, dans un délai de trente jours, à un nouvel examen du dossier ayant servi de fondement à sa décision. Cette opposition suspend l’application de cette décision.

Le décret du 8 juillet 2025 donne un nouveau motif d’engagement de cette procédure d’opposition par le ministre de l’agriculture si le directeur de l’ANSES ne tient pas compte – selon le ministre – de l’arrêté relatif à la liste des usages prioritaires.

Enfin, en cas de recours devant le juge administratif, l’auteur du recours – par exemple le demandeur d’une autorisation de mise sur le marché d’un produit phytopharmaceutique – disposera ici aussi d’un nouvel argument à opposer à une décision de refus du directeur de l’ANSES.

En conclusion, sans priver directement le directeur de l’ANSES de son pouvoir de d’autorisation de mise sur le marché, le Gouvernement vient de réduire son indépendance d’analyse en créant, par la voie de cette nouvelle procédure, une possibilité de pression exercée par le ministre de l’agriculture. Certes, l’ANSES est un établissement public administratif mais rappelons que la loi (cf. article L.1313-1 du code de la santé publique) garantit l’indépendance de l’expertise de cette dernière.

Arnaud Gossement

avocat et professeur associé à l’université Paris I Panthéon-Sorbonne