Dérogation espèces protégées : les stratégies du fait accompli et de la promesse non tenue ne permettent pas d’échapper à l’obligation de dépôt d’une demande de dérogation (Conseil d’Etat, 15 septembre 2025, n°498290)

Par une décision n°498290 du 15 septembre 2025, le Conseil d’Etat a jugé que le défaut de réalisation, par le porteur de projet, de mesures d’évitement – à l’exécution desquelles était subordonnée la décision du préfet de ne pas lui imposer le dépôt d’une demande de dérogation à l’interdiction de destruction d’espèces protégées – peut avoir pour conséquence de faire renaître l’obligation de déposer une demande de « dérogation espèces protégées ». Le juge des référés peut alors intervenir même si le chantier est déjà engagé. Les stratégies du fait accompli et de la promesse non tenue sont ainsi combattues par la Haute juridiction administrative. Commentaire

Résumé

1. Deux sociétés, pour la création d’un centre commercial, se sont engagées à réaliser des mesures d’évitement des atteintes aux espèces protégées. Raison pour laquelle le préfet les a dispensées d’avoir à déposer une demande de dérogation à l’interdiction de destruction d’espèces protégées.

2. Des associations ont constaté que deux de ces mesures d’évitement n’étaient pas respectées alors que les travaux étaient engagés. Elles ont déposé un référé-suspension contre le refus du préfet d’interrompre les travaux et de mettre en demeure les sociétés précitées de déposer une demande de dérogation espèces protégées.

3. Par une décision du 15 septembre 2025, le Conseil d’Etat a,

• d’une part suspendu l’exécution de la décision implicite par laquelle le préfet a refusé de faire droit à la demande par laquelle les associations lui ont demandé de constater une infraction et de mettre en œuvre ses pouvoirs de police en matière environnementale en application de l’article L. 171-7 du code de l’environnement est suspendue.
• d’autre part, enjoint au préfet, d’une part, de mettre en demeure les sociétés, sur le fondement de l’article L. 171-7 du code de l’environnement, de déposer une demande de dérogation à l’interdiction de destruction et de perturbation des espèces protégées et, d’autre part, de réexaminer la demande des associations tendant, en l’absence de cette dérogation, à la suspension des travaux en cours, dans un délai de quinze jours.

4. Cette décision retient l’attention à deux titres :

• d’une part, s’agissant de l’appréciation de la condition tenant à l’urgence à suspendre, le Conseil d’Etat contribue à dévaloriser la stratégie du fait accompli en jugeant que le fait que le chantier soit engagé n’a pas pour effet de démontrer l’absence d’urgence à suspendre.
• d’autre part, s’agissant de l’appréciation de la condition relative à l’existence d’un moyen de nature à créer un doute sérieux quant à la légalité de la décision entreprise, en l’état de l’instruction, le Conseil d’Etat dévalorise aussi la stratégie de la promesse non tenue. Le défaut de réalisation des mesure d’évitement proposées par le porteur de projet a pour effet, en raison de la résurgence du « risque suffisamment caractérisé », de faire renaître l’obligation de dépôt d’une demande de dérogation.

I. Rappel des faits

La société X est titulaire d’un permis d’aménager en vue de la construction, par la société Y, d’un ensemble commercial sur le territoire de la commune de X.

12 mars 2021 : le préfet de X a signalé à la société Y qu’il estimait que le projet présentait des impacts résiduels non négligeables, après mesures d’évitement et de réduction, concernant des espèces d’oiseaux patrimoniaux, imposant l’obtention d’une dérogation espèces protégées prévue par l’article L. 411-2 du code de l’environnement.

7 mars 2023 : par un porter-à-connaissance, les sociétés X et Y ont proposé de nouvelles mesures d’évitement et de réduction.

11 mai 2023 : le préfet leur a indiqué par lettre qu’en conséquence, il ne jugeait plus nécessaire que les pétitionnaires obtiennent une dérogation espèces protégées.

2024 : deux associations ont demandé au préfet du Morbihan de faire usage des pouvoirs de police qu’il tient de l’article L. 171-7 du code de l’environnement pour constater les infractions commises par les sociétés pétitionnaires et les mettre en demeure de déposer une demande de dérogation espèces protégées.

23 septembre 2024 : par une ordonnance n° 2404936 la juge des référés du tribunal administratif de Rennes a rejeté la demande de ces associations tendant,

• d’une part, à la suspension de la décision implicite de rejet que le préfet a opposée à la demande des associations et,
• d’autre part, à titre principal, à ce que soit ordonnée l’interruption provisoire et sans délai des travaux ou, à titre subsidiaire, à ce qu’il soit enjoint au préfet de X de mettre en demeure la société Y et la société X de déposer un dossier de demande de dérogation espèces protégées et de prendre toute mesure conservatoire à même de faire cesser les atteintes aux espèces protégées et à leurs habitats.

Les deux associations ont alors introduit un pourvoi en cassation contre cette ordonnance, devant le juge des référés du Conseil d’Etat.

15 septembre 2025 : par une décision n°498290, le Conseil d’Etat a

• prononcé la suspension de l’exécution de la décision contestée du préfet de X
• ordonné l’interruption sans délai des travaux d’aménagement et enjoint au préfet de X, d’une part, de mettre les sociétés X et Y en demeure de déposer une demande de dérogation espèces protégées et, d’autre part, de réexaminer la demande des associations requérantes tendant, en l’absence de cette dérogation, à la suspension des travaux en cours sur le site de X, dans un délai de quinze jours.

II. Analyse de la solution retenue par le Conseil d’Etat

A. Rappel : la dérogation à l’interdiction de destruction d’espèces protégées

L’interdiction de perturbation de l’état de conservation des espèces protégées est de principe. La délivrance d’une autorisation de déroger à cette interdiction de principe est soumise à plusieurs conditions.

Le principe d’interdiction de perturbation d’espèces protégées. Pour mémoire, le principe d’interdiction de destruction du patrimoine naturel protégé est inscrit à l’article L.411-1 du code de l’environnement. Aux termes de ces dispositions, les destinataires de ce principe d’interdiction de destruction sont : les sites d’intérêt géologique ; les habitats naturels ; les espèces animales non domestiques ou végétales non cultivées ; leurs habitats. Il importe de souligner que le terme « destruction » doit être compris, dans une acception large, comme comprenant aussi, « altération » ou « dégradation ».

• l’absence de « solution alternative satisfaisante » ;
• l’absence de nuisance pour le « maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle » ;
  
• la justification de la dérogation par l’un des cinq motifs énumérés au nombre desquels figure « c) (…) l’intérêt de la santé et de la sécurité publiques ou (pour) d’autres raisons impératives d’intérêt public majeur, y compris de nature sociale ou économique, et (pour) des motifs qui comporteraient des conséquences bénéfiques primordiales pour l’environnement ».

Par un avis n°463563 du 9 décembre 2022, le Conseil d’Etat a précisé, à la demande de la cour administrative d’appel de Douai, son interprétation des dispositions du droit positif relatives aux conditions (cf. notre commentaire de cet avis) d’une part, de déclenchement de l’obligation de dépôt d’une demande de dérogation à l’interdiction d’espèces protégées, d’autre part, de délivrance de cette dérogation, une fois demandée.

La création d’un régime de présomption de la preuve de la condition relative à la « raison impérative d’intérêt public majeur ». En 2023, le législateur est intervenu pour tenter de simplifier la preuve de l’une des trois conditions à satisfaire pour obtenir une dérogation espèces protégées  : celle selon laquelle le projet concerné répond à une « raison impérative d’intérêt public majeur. Le nouvel article L.411-2-1 du code de l’environnement dispose que certains projets sont, par avance, présumés répondre à cette « raison impérative d’intérêt public majeur ». Il s’agit :

• des projets d’installations de production d’énergies renouvelables
• des projets de stockage d’énergie dans le système électrique satisfaisant aux conditions prévues à l’article L. 211-2-1 du code de l’énergie.
• des projets d’intérêt national majeur pour la transition écologique ou la souveraineté nationale

B. L’apport de la décision n°498290 rendue le 15 septembre 2025 par le Conseil d’Etat 

1. Sur l’urgence

Pour mémoire, aux termes de l’article L. 521-1 du code de justice administrative, le juge administratif des référés peut suspendre l’exécution d’une décision administrative lorsque les conditions suivantes sont réunies :

« Quand une décision administrative, même de rejet, fait l’objet d’une requête en annulation ou en réformation, le juge des référés, saisi d’une demande en ce sens, peut ordonner la suspension de l’exécution de cette décision, ou de certains de ses effets, lorsque l’urgence le justifie et qu’il est fait état d’un moyen propre à créer, en l’état de l’instruction, un doute sérieux quant à la légalité de la décision.« 

Ainsi, outre les conditions de recevabilité de la requête, le juge du référé-suspension doit vérifier que les deux conditions de fond suivantes sont réunies :

• la demande de suspension doit démontrer l’urgence à suspendre l’exécution de la décision administrative litigieuse,
• la demande de suspension doit également comporter un moyen (argument) propre à créer, en l’état de l’instruction, un doute sérieux quant à la légalité de la décision.

Par sa décision ici commentée, rendue le 15 septembre 2025, le Conseil d’Etat a procédé, de nouveau, à une appréciation de la condition d’urgence assez favorable aux requérants. Le fait que le chantier litigieux soit en cours de réalisation ne démontre pas l’absence d’urgence mais au contraire prouve l’urgence à suspendre la décision litigieuse, à savoir le refus du préfet d’ordonner l’interruption provisoire et sans délai des travaux :

« 8. Les associations requérantes font valoir que le site d’implantation du projet présente des enjeux importants pour la conservation de plusieurs espèces protégées et que l’étude d’impact retenait une incidence modérée du projet sur diverses espèces de chiroptères ainsi que sur certaines espèces d’oiseaux et une incidence forte pour le chardonneret élégant, le pic épeichette, le serin cini, la tourterelle des bois et le verdier d’Europe. Après prise en compte de l’ensemble des mesures d’évitement, de réduction et d’accompagnement, l’étude d’impact concluait à des incidences résiduelles négligeables pour la majorité des espèces et faibles pour les cinq espèces d’oiseaux énumérées ci-dessus. Il ressort toutefois des éléments énoncés au point 2 que le chantier a démarré sans que soit respecté l’ensemble de ces mesures, occasionnant des atteintes potentiellement significatives aux espèces présentes. La poursuite du chantier, dont il ressort des pièces du dossier qu’il est loin d’être achevé à la date de la présente décision, pourrait occasionner de nouvelles conséquences irréversibles pour ces espèces déjà fragilisées par son démarrage anticipé. Par suite, la condition d’urgence prévue à l’article L. 521-1 du code de justice administrative doit être regardée comme remplie.« 

A titre de comparaison, il convient de rappeler que, par une décision n°469526 du 8 avril 2024, le Conseil d’Etat a jugé que le juge administratif du référé-suspension ne doit pas se borner à relever l’état avancé des travaux mais doit examiner si l’impact des travaux restant à effectuer sur les espèces protégées peut conduire à regarder la condition d’urgence comme remplie (cf. notre commentaire). Aux termes de cette décision, la seule circonstance que les travaux de défrichement soient réalisés à hauteur de 90 % et que l’atteinte aux espèces protégées soit déjà très largement consommée ne permet pas de conclure au défaut d’urgence.

Par cette décision en date du 15 septembre 2025, le Conseil d’Etat a-t-il définitivement ruiné la stratégie du fait accompli ? Cela semble être le cas à première analyse. Les sociétés en cause avaient en effet été dispensées de déposer une demande de dérogation à l’interdiction de destruction d’espèces protégées à la condition qu’elles réalisent des mesures d’évitement. Mesures dont certaines n’ont pas été réalisées. Il est impossible de juger ici des intentions de ces sociétés. Il convient cependant de constater que, malgré le fait que les travaux aient été engagés rapidement et que certaines atteintes aux espèces aient été déjà faites, le Conseil d’Etat a jugé ici que cette accélération du projet n’a pas pour conséquence de faire disparaître « l’urgence à suspendre ».

Reste qu’il convient de rester prudents, a fortiori s’agissant d’un contrôle au cas par cas. La décision précise en effet que le chantier « est loin d’être achevé » et il est délicat de savoir ce qu’aurait jugé le Conseil d’Etat si le chantier avait été entièrement réalisé. Par ailleurs et surtout, tout va dépendre des exigences qui seront formulées par l’administration lors de la conception puis du dépôt de la demande de dérogation. Si certaines espèces ont définitivement disparues à la date de conception de cette demande, il faudra alors que l’administration estime que leur seule présence potentielle suffit à ce qu’elles soient tout de même étudiées

2. Sur la légalité de la décision litigieuse

En premier lieu, le Conseil d’Etat a pu constater à son tour que les sociétés X et Y n’ont pas respecté leur engagement de réaliser certaines des mesures d’évitement à l’exécution desquelles était subordonnée la décision du préfet de ne pas leur imposer le dépôt d’une demande de dérogation à l’interdiction de destruction d’espèces protégées.

Très concrètement, ces deux sociétés n’ont pas exécuté les deux mesures d’évitement suivantes :

• la mesure E1 prévoyait un début des travaux en septembre 2024. Or, ceux-ci ont commencé, plus tôt, en mai 2024. C’est-à-dire pendant une période sensible pour la biodiversité.
• la mesure E4 prévoyait la préservation d’une bande enherbée en lisière d’une haie à enjeux. Elle a été également méconnue.

Le point 9 de la décision ici commentée précise :

« 9. En second lieu, il ressort des pièces du dossier que le préfet de X, après avoir dans un premier temps estimé que les sociétés X et Y devaient présenter une demande de dérogation espèces protégées, les en a finalement dispensées au vu des mesures supplémentaires d’évitement et de réduction que les sociétés pétitionnaires se sont engagées à mettre en œuvre. Toutefois, comme le révèle le rapport de manquement administratif établi par l’OFB, les sociétés ont réalisé une partie des travaux sans respecter plusieurs de leurs engagements. En particulier, alors que la mesure d’évitement E1 prévoyait le début des travaux en septembre, ceux-ci ont commencé en mai 2024, soit pendant une période identifiée comme sensible pour l’avifaune et les chiroptères présents sur le site, et ont conduit au terrassement d’une prairie de 5,5 hectares, engendrant des incidences sur ces espèces qui, d’après l’OFB, peuvent être considérées comme significatives. Par ailleurs, le rapport de manquement relève notamment la méconnaissance de la mesure E4, qui prévoyait la préservation d’une bande enherbée en lisière d’une haie à enjeux.(…)  » (nous soulignons).

En deuxième lieu, le Conseil d’Etat a jugé que le défaut d’exécution de ces deux mesures d’évitement a eu pour conséquence de créer un « risque suffisamment caractérisé pour les espèces protégées présentes sur le site. Les bénéficiaires de l’autorisation délivrée sont tenus de déposer une demande de dérogation à l’interdiction de destruction d’espèces protégées, les conditions de naissance de cette obligation étant désormais réunies :

« Eu égard aux enjeux identifiés sur le site et aux impacts que le projet était susceptible d’avoir sur plusieurs espèces protégées, et alors que certaines des mesures d’évitement et de réduction au bénéfice desquelles le préfet avait dispensé les sociétés pétitionnaires de solliciter une dérogation espèces protégées n’avaient pas été mises en œuvre et n’étaient plus susceptibles de l’être, la réalisation des travaux litigieux pouvait être regardée comme faisant peser, sur certaines des espèces protégées présentes sur le site d’implantation du projet, un risque suffisamment caractérisé. Par suite, le moyen tiré de ce que le préfet aurait méconnu ses obligations résultant de l’article L. 171-7 du code de l’environnement en refusant de mettre les pétitionnaires en demeure de régulariser leur situation par le dépôt d’une dérogation espèces protégées est de nature, en l’état de l’instruction, à créer un doute sérieux sur la légalité de la décision contestée.« 

Cette décision confirme que l’obligation de dépôt d’une demande de dérogation peut être évaluée à tout moment. Par une décision n°475236 du 31 décembre 2024, le Conseil d’Etat a jugé que l’administration peut examiner la nécessité pour un exploitant d’obtenir une dérogation espèces protégées à tout moment, sans qu’il soit besoin d’attendre une demande de modification substantielle de l’autorisation environnementale délivrée pour l’installation en cause (cf. notre commentaire).

Cette analyse permet-elle de ruiner définitivement la stratégie de la promesse non tenue ? Là aussi il convient de rester prudents, s’agissant, au surplus, d’une décision du juge des référés. Certes, le défaut de réalisation des mesures d’évitement qui, précisément, justifiait l’absence de dépôt d’une demande de dérogation, fait renaître l’obligation d’en déposer une. Reste que dans certains cas, le porteur de projet peut craindre que ledit dépôt n’aboutisse à un refus de dérogation et donc à une impossibilité d’engager les travaux.

Bien entendu, il convient de s’abstenir de tout procès d’intention aux sociétés concernées par le contentieux ici commentée en raison du défaut d’éléments de fait. Toutefois, de manière générale et parfois un peu cynique, la stratégie du fait accompli couplée à celle de la promesse non tenue peut faire espérer à celui qui la suit que son projet sera réalisé même au prix d’une illégalité voire d’une sanction pénale. Situation qui apparaîtra malheureusement parfois préférable au défaut de réalisation du projet. Il conviendra donc d’analyser avec attention la suite de ce dossier et, notamment, la décision au fond voire une éventuelle nouvelle décision du juge des référés.

Arnaud Gossement – avocat gérant

professeur associé à l’université Paris I Panthéon-Sorbonne

cabinet d’avocats en droit de l’environnement / avocat en droit de l’environnement / cabinet d’avocats en droit de l’énergie / avocat en droit de l’énergie