Dérogation espèces protégées : l’illégalité de l’autorisation d’exploiter une activité industrielle peut démontrer l’existence d’un « risque suffisamment caractérisé » imposant au préfet d’enjoindre au porteur de projet de déposer une demande de « dérogation espèces protégées » (TA Guyane, 11 décembre 2025, Association Guyane Nature Environnement, n°2201889)

Par un jugement n°2201889 rendu ce 11 decembre 2025, le tribunal administratif de la Guyane a annulé, à la demande de l’association Guyane Nature Environnement, d’une part une autorisation d’exploiter une mine d’aurifère, d’autre part le refus du préfet d’ejoindre au porteur de projet de déposer une demande de « dérogation espèces protégées ». Aux termes d’un jugement très intéressant, le tribunal administratif établi un lien entre les motifs de l’annulation – lesquels révèlent un risque suffisamment caractérisé » – et l’obligation de dépôt d’une demande de « dérogation espèces protégées ».

I. Les faits et la procédure

4 juillet 2022 : arrêté par lequel le préfet de la Guyane a autorisé la société Compagnie minière X à exploiter une mine aurifère de type alluvionnaire.

31 août 2022 : par un courrier reçu en préfecture le 1er septembre suivant, l’association Guyane nature environnement a

• présenté un recours gracieux contre cet arrêté du 4 juillet 2022
• et a demandé en outre au préfet de mettre en demeure la société pétitionnaire de déposer une demande de dérogation sur le fondement de l’article L. 411-2 du code de l’environnement.

30 décembre 2022  : requête par laquelle l’association Guyane nature environnement, a demandé au tribunal administratif de la Guyanne :

• d’annuler l’arrêté du 4 juillet 2022 du préfet de la Guyane autorisant la société Compagnie minière X à exploiter une mine aurifère
• d’annuler la décision implicite de ce préfet rejetant son recours gracieux formé contre cet arrêté ;
• d’annuler la décision implicite du préfet de la Guyane rejetant sa demande tendant à ce qu’il mette en demeure la société Compagnie minière X de présenter une demande de dérogation aux espèces protégées sur le fondement de l’article L. 411-2 du code de
  l’environnement
• d’enjoindre au préfet de la Guyane de mettre en demeure la société Compagnie minière X de déposer une demande de dérogation au titre de l’article L. 411-2 du code de l’environnement, dans le délai de trois mois à compter de la notification du jugement à intervenir

11 décembre 2025 : jugement par lequel le tribunal administratif de la Guyane a

• annulé l’arrêté du 4 juillet 2022 du préfet de la Guyane autorisant la société Compagnie minière X à exploiter une mine aurifère ;
• annulé la décision implicite de ce préfet du 31 octobre 2022 rejetant le recours gracieux formé par l’association Guyane nature environnement contre cet arrêté du 4 juillet 2022 ;
• annulé la décision implicite du préfet de la Guyane née le 31 octobre 2022 refusant d’enjoindre à la société Compagnie minière X de demander une dérogation sur le fondement de l’article L. 411-2 du code l’environnement pour l’exploitation de la mine aurifère précitée.

II. La solution retenue

2.1. Rappel : la dérogation à l’interdiction de destruction d’espèces protégées

L’interdiction de perturbation de l’état de conservation des espèces protégées est de principe. La délivrance d’une autorisation de déroger à cette interdiction de principe est soumise à plusieurs conditions.

Le principe d’interdiction de perturbation d’espèces protégées. Pour mémoire, le principe d’interdiction de destruction du patrimoine naturel protégé est inscrit à l’article L.411-1 du code de l’environnement. Aux termes de ces dispositions, les destinataires de ce principe d’interdiction de destruction sont : les sites d’intérêt géologique ; les habitats naturels ; les espèces animales non domestiques ou végétales non cultivées ; leurs habitats. Il importe de souligner que le terme « destruction » doit être compris, dans une acception large, comme comprenant aussi, « altération » ou « dégradation ».

• l’absence de « solution alternative satisfaisante » ;
• l’absence de nuisance pour le « maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle » ;
  
• la justification de la dérogation par l’un des cinq motifs énumérés au nombre desquels figure « c) (…) l’intérêt de la santé et de la sécurité publiques ou (pour) d’autres raisons impératives d’intérêt public majeur, y compris de nature sociale ou économique, et (pour) des motifs qui comporteraient des conséquences bénéfiques primordiales pour l’environnement ».

Par un avis n°463563 du 9 décembre 2022, le Conseil d’Etat a précisé, à la demande de la cour administrative d’appel de Douai, son interprétation des dispositions du droit positif relatives aux conditions (cf. notre commentaire de cet avis) d’une part, de déclenchement de l’obligation de dépôt d’une demande de dérogation à l’interdiction d’espèces protégées, d’autre part, de délivrance de cette dérogation, une fois demandée.

2.2. L’illégalité de l’autorisation d’exploiter une activité industrielle peut démontrer l’existence d’un « risque suffisamment caractérisé » imposant au préfet d’enjoindre au porteur de projet de déposer une demande de « dérogation espèces protégées »

Par le jugement ici commenté, le tribunal administratif de la Guyane a

• d’une part, jugé illégale l’autorisation d’exploiter une mine aurifère, laquelle méconnaissait les dispositions de l’article L. 161-1 du code minier
• d’autre part, a déduit des motifs d’annulation de cette autorisation d’exploiter, l’existence  d’un « risque suffisamment caractérisé ». Ce qui a pour conséquence d’imposer au porteur de projet le dépôt d’une demande de dérogation à l’interdiction de destruction d’espèces protégées.

Le point 11 de ce jugement est ainsi rédigé :

« 11. Ainsi qu’il a été exposé au point 7 en l’état de l’instruction l’autorisation accordée d’exploiter une mine aurifère méconnaît les dispositions de l’article L. 161-1 du code minier en ce que ces travaux ne respectent pas, notamment, les contraintes et les obligations nécessaires à la protection des espaces naturels et des paysages, de la faune et de la flore, des équilibres biologiques et des ressources naturelles existantes sur le site d’exploitation prévu. Par ailleurs, il résulte également de ce qui précède que l’autorisation préfectorale d’exploiter du 19 juillet 2022 doit être annulée. Dans ces conditions, le projet comportait un risque pour les espèces protégées suffisamment caractérisé pour l’application de l’article L. 411-1 du code de l’environnement. Par suite, la décision préfectorale implicite née le 31 octobre 2022 refusant d’enjoindre à la société pétitionnaire une demande de dérogation au titre de l’article L. 411-2 du code de l’environnement est intervenue en méconnaissance de l’article L. 411-1 de ce code.« 

Aux termes de ce point 11 :

• Le tribunal administratif de la Guyane souligne que l’annulation de l’autorisation d’exploiter une mine aurifère est motivée par le fait que les travaux envisagés « ne respectent pas, notamment, les contraintes et les obligations nécessaires à la protection des espaces naturels et des paysages, de la faune et de la flore, des équilibres biologiques et des ressources naturelles existantes sur le site d’exploitation prévu ».
• En conséquence et « dans ces conditions« , « le projet comportait un risque pour les espèces protégées suffisamment caractérisé pour l’application de l’article L. 411-1 du code de l’environnement.« 

A notre sens, ce jugement n’établit pas un lien systématique entre la légalité de l’autorisation d’exploiter (ici minière) et l’obligation de dépôt d’une demande de « dérogation espèces protégées ». Ce lien sera établi au cas par cas. Au cas d’espèce jugé par le tribunal administratif de la Guyane, les motifs d’annulation de l’autorisation d’exploiter imposaient au préfet de solliciter le dépôt de la demande de dérogation.

A défaut : tant l’autorisation d’exploiter que le refus d’exiger le dépôt d’une demande de dérogation espèces protégées sont illégaux :

« 12. Il résulte de tout ce qui précède, sans qu’il soit besoin de se prononcer sur les autres moyens de la requête portant sur la contestation de l’arrêté du 4 juillet 2022 du préfet de la Guyane autorisant la société Compagnie minière X à exploiter une mine aurifère […] sur la crique de Citron à Grand Santi et de la décision implicite de ce préfet née le 31 octobre 2022 rejetant le recours gracieux formé contre cet arrêté, que l’association Guyane nature environnement est fondée à demander leur annulation ainsi que de la décision préfectorale implicite née le 31 octobre 2022 refusant de mettre en demeure la société Compagnie minière X de déposer une demande de dérogation au titre de l’article L. 411-2 du code de l’environnement. »

La portée de ce jugement – qui peut encore faire l’objet d’un appel à la date de rédaction du présent commentaire – est importante. Le tribunal administratif de la Guyane établi ici un lien entre la procédure d’autorisation d’exploiter au titre du code minier et la procédure de dérogation espèces protégées. Les porteurs de projets de travaux miniers sont, à leur tour, encouragés à ne pas fractionner la conception de leurs dossiers de demande d’autorisation mais à les penser ensemble.

D’autre part, le tribunal administratif établi aussi lien entre les motifs d’illégalité de l’autorisation d’exploiter et l’obligation de dépôt d’une demande de dérogation espèces protégées. Les motifs d’illégalité de la première révèlent un risque suffisamment caractérisé de telle sorte que les conditions de naissance de l’obligation de dépôt d’une demande de DEP sont réunies.

Arnaud Gossement

avocat et professeur associé à l’université Paris I Panthéon-Sorbonne

A lire également : 

Note du 27 novembre 2025 – Dérogation espèces protégées : qu’est ce qu’une « solution alternative satisfaisante » ? (Conseil d’Etat, 21 novembre 2025, Association Bien vivre à Replonges, n°495622)