Dérogation espèces protégées : le classement d’une espèce protégée ne porte pas une atteinte excessive au droit de propriété dés lors qu’existe la procédure « dérogation espèces protégées » (Conseil d’Etat, 11 mars 2026, n°500143)

Voici une nouvelle étape du contentieux relatif au projet de construction d’une chapelle et d’un bâtiment d’accueil des pèlerins à Saint-Pierre-de-Colombier (Ardèche), porté par la congrégation religieuse « La Famille A. ». Par une décision n°500143 rendue ce 11 mars 2026, le Conseil d’Etat a rejeté le recours par lequel cette congrégation a demandé l’annulation du refus du ministre de la transition écologique de retirer l’espèce « Réséda de Jacquin (Reseda jacquinii) » de la liste des espèces végétales protégées en région Rhône-Alpes. Une décision intéressante pour deux motifs au moins. D’une part, la Haute juridiction administrative a pu préciser les modalités de son contrôle – normal – de la légalité de la décision par laquelle le ministre de la transition écologique refuse le déclassement d’une espèce de la liste des espèces protégées. A ce titre, elle tient notamment compte de liste rouge de l’UICN. D’autre part, elle a également pu préciser que le classement d’une espèce protégée ne porte pas une atteinte excessive au droit de propriété dés lors qu’existe la procédure de dérogation à l’interdiction de destruction d’espèces protégées et de leurs habitats, organisée à l’article L.411-2 du code de l’environnement.

I. Les faits et la procédure

27 décembre 2024 : la congrégation religieuse de La Famille A… a demandé au Conseil d’État d’annuler la décision implicite, née du silence gardé par le ministre de la transition écologique, rejetant sa demande tendant à l’abrogation de l’arrêté du 4 décembre 1990 relatif à la liste des espèces végétales protégées en région Rhône-Alpes complétant la liste nationale en ce qu’il inscrit le Réséda de Jacquin (Reseda jacquinii) sur la liste des espèces protégées.

11 mars 2026 : décision n°500143 par laquelle le Conseil d’Etat a rejeté le recours de la congrégation religieuse de La Famille A.

II. La solution retenue

La décision rendue ce 11 mars 2026 par le Conseil d’Etat est intéressante à plusieurs titres,

• d’une part, le Conseil d’Etat a rappelé que la liste des espèces protégées fixée par arrêté peut comprendre des espèces autres que celles mentionnées à l’annexe IV de la directive 92/43/CEE du Conseil du 21 mai 1992 et à l’annexe I de la convention sur la conservation de la vie sauvage et du milieu naturel de l’Europe (2.1.) ;
• d’autre part, cette décision démontre que la Haute juridiction exerce un contrôle normal sur la décision du ministre de refuser le déclassement d’une espèce figurant sur la liste des espèces protégées (2.2.) ;
• enfin, le classement d’une espèce protégée ne porte pas une atteinte excessive et disproportionnée au droit de propriété dés lors qu’existe la procédure de dérogation espèces protégées (2.3.).

2.1. La liste des espèces protégées fixée par arrêté peut comprendre des espèces autres que celles mentionnées à l’annexe IV de la directive 92/43/CEE du Conseil du 21 mai 1992 et à l’annexe I de la convention sur la conservation de la vie sauvage et du milieu naturel de l’Europe

Le point 4 de la décision rendue ce 11 mars 2026 par le Conseil d’Etat rappelle que la liste des espèces protégées peut comprendre d’autres espèces que celles mentionnées à l’annexe IV de la directive 92/43/CEE du Conseil du 21 mai 1992 relative à la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages et à l’annexe I de la convention sur la conservation de la vie sauvage et du milieu naturel de l’Europe, elle peut également comprendre d’autres espèces.

A la condition suivante : la décision de classement d’espèces protégées autre que celles mentionnées aux deux annexes précitées doit être « justifiée par un intérêt scientifique particulier, par leur rôle déterminant au sein des écosystèmes ou par les exigences liées à la préservation du patrimoine naturel. »

2.2. Le juge administratif exerce un contrôle normal de la décision par laquelle un ministre refuse de déclasser une espèce sur la liste des espèces protégées

Le point 5 de la décision rendue ce 11 mars 2026 par le Conseil d’Etat rend compte de la manière dont la Haute juridiction contrôle la décision par laquelle le ou la ministre de la transition écologique refuse de déclasser une espèce de la liste des espèces protégées.

D’une part, il procède à l’examen des données scientifiques relatives à l’état de conservation de l’espèce en cause, telles qu’exposées dans les pièces du dossier : « (…) il ressort des pièces du dossier que le Réséda de Jacquin est une espèce endémique de l’arc cévéno-catalan. L’Ardèche abrite la majeure partie de ses populations mondiales, ce qui lui confère, pour ce territoire, une valeur patrimoniale particulière. Il ressort également des pièces du dossier que les populations de cette espèce sont fragilisées par l’aggravation des phénomènes de sécheresse qui affectent l’arc méditerranéen et que les tentatives de réensemencement entreprises jusqu’à présent ont échoué, ce qui renforce l’importance de la préservation des populations existantes. »

D’autre part, il tient compte du classement de l’espèce sur la liste des espèces menacées établie par l’UICN : « Il ressort encore des pièces du dossier que le Réséda de Jacquin figure sur la liste rouge des espèces menacées, établie selon les critères internationaux de l’Union internationale pour la conservation de la nature, étant classé  » en préoccupation mineure  » en France ainsi que dans l’ancienne région Rhône-Alpes où il bénéficie d’une protection depuis 1990. »

Ce n’est pas la première fois que le Conseil d’Etat tient compte du classement UICN des espèces protégées. Par deux décisions n°465464 et 474077 rendues le 30 mai 2024, la Haute juridiction administrative a apporté de substantielles précisions quant aux conditions d’appréciation du « risque suffisamment caractérisé » pour l’état de conservation des espèces protégées. Ce risque doit être analysé par le porteur de projet « dés l’origine », c’est-à-dire avant la mise en fonctionnement de l’installation concernée et tenir compte du classement d’une espèce protégée établi par l’UICN (cf. notre commentaire).

En conséquence, le ministre de la transition écologique était en droit de refuser de déclasser le Réséda de Jacquin de la liste régionale des espèces protégées : « (..) Dans ces conditions, eu égard aux nécessités de sa préservation comme élément singulier du patrimoine naturel dans l’ancienne région Rhône-Alpes, le ministre de la transition écologique et de la cohésion des territoires n’a pas fait une inexacte application des dispositions de l’article L.411-1 du code de l’environnement en refusant d’abroger l’arrêté du 4 décembre 1990 en tant qu’il inscrit le Réséda de Jacquin sur la liste des espèces protégées dans cette zone géographique. »

2.3. Le classement d’une espèce protégée ne porte pas une atteinte excessive et disproportionnée au droit de propriété dés lors qu’existe la procédure de dérogation espèces protégées

Le point 6 est très intéressant en ce qu’il a trait à l’articulation entre le régime juridique de classement des espèces protégées et la procédure de dérogation à l’interdiction de destruction d’espèces protégées et de leurs habitats, organisée par l’article L.411-2 du code de l’environnement :

« 6. En troisième lieu, la requérante ne peut utilement invoquer à l’appui de son recours une atteinte excessive et disproportionnée au droit de propriété, dès lors que les conséquences du classement d’une espèce protégée résultent de la loi elle-même. Au demeurant, les interdictions découlant de la loi, qui poursuivent un objectif de préservation du patrimoine naturel et sont circonscrites au territoire de l’ancienne région Rhône-Alpes, sont susceptibles de faire l’objet de dérogations, dans les conditions prévues par l’article L.411-2 du code de l’environnement. »

La décision ici commentée vient donc enrichir la jurisprudence relative à l’articulation entre le droit à un environnement sain et équilibré d’une part, le droit de propriété et la liberté d’entreprendre d’autre part. Par ailleurs, cette décision a sans doute aussi été guidée par le souci du Conseil d’Etat de ne pas autoriser un contournement de l’obligation de dépôt d’une demande de dérogation lorsque ses conditions sont réunies. Demander le déclassement d’une espèce protégée n’est pas une alternative sûre au dépôt d’une telle demande.

Arnaud Gossement

avocat et professeur associé à l’université Paris I Panthéon-Sorbonne

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