Autoroute A 412 Machilly-Thonon : le juge des référés rejette la demande de suspension de l’autorisation environnementale en raison de « l’intérêt majeur » du projet (CAA Lyon, ord., 15 octobre 2026, FNE Haute-Savoie et autres, n°26LY02528)

Par une ordonnance du 15 octobre 2026, le juge des référés de la cour administrative d’appel de Lyon a rejeté la demande de suspension de l’arrêté préfectoral portant autorisation environnementale du projet de liaison autoroutière concédée entre Machilly et Thonon-les-Bains (A 412), en Haute-Savoie. Le juge des référés a notamment considéré que l’urgence à suspendre cette autorisation n’était pas démontrée en raison de l’ intérêt majeur » de ce projet « pour les habitants du secteur concerné, en particulier pour les nombreux travailleurs frontaliers utilisant un réseau routier saturé et accidentogène » et des « conséquences très négatives » pour les sociétés bénéficiaires de cette autorisation. Le juge des référés a aussi considéré qu’il n’y pas d’urgence à suspendre dés lors que le juge du fond, doit se prononcer rapidement. Une conséquence de l’entrée en vigueur du décret 21 avril 2026 qui tend à accélérer l’instruction des recours dirigés contre des projets stratégiques.  Par Arnaud Gossement, avocat et professeur associé à l’université Paris I Panthéon-Sorbonne.

Résumé

Sur la compétence. La requête était dirigée contre une autorisation environnementale délivrée pour un projet d’infrastructure de transport. Elle relevait, en premier et dernier ressort, de la cour administrative d’appel, en application de l’article R. 311-5 du code de justice administrative, dans sa rédaction issue du décret n° 2026-302 du 21 avril 2026.

Sur le défaut d’urgence. Le juge des référés a considéré

• que les requérants n’ont pas apporté la preuve de l’urgence à suspendre
• qu’il y a urgence à ne pas suspendre : « le projet revêt un intérêt majeur pour les habitants du secteur concerné, en particulier pour les nombreux travailleurs frontaliers utilisant un réseau routier saturé et accidentogène, que la suspension des travaux aurait des conséquences très négatives pour les sociétés AMEDEA et SNCF RESEAU et leurs sous-traitants » (nous soulignons)

Sur le doute sérieux quant à la légalité de la décision entreprise. « Au surplus », le juge des référés, « juge de l’évidence », a estimé qu’aucun des moyens soulevés ne suscitait de doute sérieux quant à la légalité de l’arrêté.

Commentaire

Deux points de cette ordonnance de référé-suspension retiennent plus particulièrement l’attention

En premier lieu, même l’obligation de motivation des ordonnances de référé est moindre, il aurait été précieux que le juge des référés explique pour quels motifs les preuves de l’urgence à ne pas suspendre administrées par l’Etat et le bénéficiaire de l’autorisation environnementale litigieuse étaient de meilleure qualité que les preuves de l’urgence à suspendre fournies par les requérants. Cela aurait été d’autant plus précieux que le juge des référés a considéré, avec des termes très forts, que le projet autoroutier comporte des avantages particulièrement importants : « le projet revêt un intérêt majeur pour les habitants du secteur concerné, en particulier pour les nombreux travailleurs frontaliers utilisant un réseau routier saturé et accidentogène, que la suspension des travaux aurait des conséquences très négatives pour les sociétés AMEDEA et SNCF RESEAU et leurs sous-traitants » (nous soulignons).

En deuxième lieu, cette ordonnance permet d’identifier une conséquence intéressante de la réforme du contentieux administratif introduite par le décret n° 2026-302 du 21 avril 2026 relatif à la simplification de la procédure contentieuse en matière environnementale et à l’accélération de certains projets.(cf. notre commentaire). Dans cette affaire, le juge des référés a en effet considéré que l’absence d’urgence à suspendre l’exécution de l’autorisation environnementale contestée résulte notamment de l’accélération de la procédure d’instruction de la requête au fond. La jurisprudence avait déjà admis à plusieurs reprises que le juge des référés peut constater l’urgence à ne pas suspendre lorsque le juge du fond va se prononcer rapidement. Le décret du 21 avril 2026 destiné à accélérer l’instruction des recours contre les projets stratégiques pourrait augmenter le nombre d’occurrences de cette jurisprudence.

Au cas d’espèce, le juge du fond sera amené à se prononcer dans un délai relativement proche, « eu égard aux nouvelles dispositions de l’article R. 311-5 du code de justice administrative ». Pour mémoire, le délai de jugement de dix mois est fixé par l’article R. 77-16-3 du même code, créé par le décret du 21 avril 2026 (cf. article R. 77-16-3 du code de justice administrative). Les dispositions de ce décret s’appliquent aux actes administratifs pris à compter du 1er juillet 2026 (cf. notre commentaire de ce décret)

I.Rappel des faits et de la procédure

28 mai au 29 juin 2018 : une enquête publique est organisée sur le projet (cf. ordonnance précitée, point 1).

24 décembre 2019 : un décret déclare d’utilité publique les travaux de création d’une liaison à 2 × 2 voies entre Machilly et Thonon-les-Bains. Ce décret confère le statut autoroutier à la liaison et met en compatibilité les documents d’urbanisme de dix communes (cf. CE, 30 décembre 2021, Ville de Genève et autres, n° 438686 et autres).

30 décembre 2021 : le Conseil d’Etat a rejeté les recours dirigés contre ce décret (cf. CE, 30 décembre 2021, Ville de Genève et autres, n° 438686 et autres).

5 décembre 2025 : le Conseil d’Etat rejette la requête de la ville de Genève et de deux associations tendant à l’annulation du refus d’abroger ce décret (cf. CE, 5 décembre 2025, Ville de Genève et autres, n° 488802).

11 octobre 2024 : un décret approuve la convention de concession de la liaison autoroutière (cf. ordonnance précitée, point 1). La société AMEDEA est la société concessionnaire.

1er octobre 2025 : la demande d’autorisation environnementale du projet est déposée. Le dossier est déclaré complet le 12 janvier 2026.

20 avril au 3 juin 2026 : une participation du public par voie électronique est organisée (cf. ordonnance précitée, point 1).

28 août 2026 : par un arrêté n° DDT-2026-1079, le préfet de la Haute-Savoie a délivré l’autorisation environnementale du projet de liaison autoroutière et de la suppression des passages à niveau n° 65 et 66 sur le territoire de la commune de Perrignier. La société SNCF Réseau en est co-bénéficiaire.

14 septembre 2026 : requête en référé par laquelle les associations France Nature Environnement Auvergne-Rhône-Alpes et France Nature Environnement Haute-Savoie, plusieurs autres associations de protection de l’environnement, des organisations agricoles, des exploitations agricoles, des associations communales de chasse agréées et de nombreuses personnes physiques ont saisi la cour administrative d’appel de Lyon.

Ces requérants ont demandé,

• à titre principal, la suspension de l’exécution de l’arrêté dans son intégralité
• à titre subsidiaire, ils demandaient la suspension de certains de ses effets : les opérations de déboisement, de débroussaillage, de dessouchage et de terrassement, les atteintes aux zones humides et aux espèces protégées, ainsi que les prélèvements en eaux superficielles autorisés par l’article 21 de l’arrêté. Ils demandaient également qu’il soit enjoint à l’Etat et à la société AMEDEA de suspendre les travaux dans un délai de vingt-quatre heures.

15 octobre 2026 : par une ordonnance n°N° 26LY02528, le juge des référés de la cour administrative d’appel de Lyon a rejeté la requête en référé-suspension.

II. La solution retenue

Le juge des référés de la cour administrative d’appel de Lyon a,

• d’une part, considéré que l’urgence à ne pas suspendre l’emportait sur l’urgence à suspendre l’exécution de l’autorisation environnementale des travaux de construction de l’autoroute A412 ;

2.1 L’absence d’urgence à suspendre l’autorisation environnementale contestée

Le juge des référés de la cour administrative d’appel de Lyon a considéré que les réquérants n’ont pas rapporté la preuve de l’urgence au suspendre au regard de l’urgence à ne pas suspendre. Son raisonnement procède de quatre séries de considérations.

En premier lieu, le juge des référés a considéré que les requérants n’ont pas rapporté la preuve de l’urgence à suspendre à savoir

• « (…) l’atteinte irréversible portée selon eux par les travaux (…) »
• « (…) que des espèces protégées auraient été omises de la dérogation accordée (…) »
• « (…) que les opérations engagées à ce jour se traduiraient par d’importants prélèvements d’eau sur le milieu naturel (…) »
• « (…) les nombreuses mesures de protection et compensation prévues par l’arrêté litigieux seraient insuffisantes (…) »

En deuxième lieu, le juge des référés a, à l’inverse, considéré qu’il y avait urgence à ne pas suspendre en raison de « l’intérêt majeur » du projet. Il a relevé que : « (…) le projet revêt un intérêt majeur pour les habitants du secteur concerné (…) en particulier pour les nombreux travailleurs frontaliers utilisant un réseau routier saturé et accidentogène (…) »

En troisième lieu, le juge a également pris en compte les conséquences d’une suspension pour les maîtres d’ouvrage. L’ordfonnance souligne en effet que : « (…) la suspension des travaux aurait des conséquences très négatives pour les sociétés AMEDEA et SNCF RESEAU (…) ».

En quatrième lieu, le juge a tenu compte du calendrier d’instruction de la requête au fond. Le juge du fond sera amené à se prononcer dans un délai relativement proche, « eu égard aux nouvelles dispositions de l’article R. 311-5 du code de justice administrative ». Le délai de jugement de dix mois est fixé par l’article R. 77-16-3 du même code, créé par le décret du 21 avril 2026 (cf. article R. 77-16-3 du code de justice administrative). Les dispositions de ce décret s’appliquent aux actes administratifs pris à compter du 1er juillet 2026 (cf. notre commentaire de ce décret)

2.2 L’absence de doute sérieux 

Les deux conditions posées par l’article L. 521-1 du code de justice administrative sont cumulatives. Le défaut d’urgence suffisait donc à justifier le rejet de la requête. Le juge des référés a toutefois examiné, « au surplus », la seconde condition. Le point 5 de l’ordonnance est ainsi rédigé, de manière certes régulière mais lapidaire : « Au surplus, en l’état de l’instruction devant le juge des référés, juge de l’évidence, aucun des moyens soulevés par les requérants, et sus-analysés, ne suscite de doute sérieux quant à la légalité de l’arrêté litigieux. »

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