Dérogation espèces protégées : l’administration n’est pas tenue de vérifier la fiabilité d’un dispositif anticollision prescrit par le juge administratif ou d’exiger le dépôt d’une demande de dérogation (Conseil d’Etat, 22 décembre 2025, n°497091 et 492940)

Par deux décisions rendues ce 22 décembre 2025, le Conseil d’Etat a apporté d’importantes précisions relatives à la procédure d’autorisation de déroger à l’interdiction de destruction d’espèces protégées. En premier lieu, la Haute juridiction administrative a jugé que le juge administratif n’a pas le droit de dispenser un pétitionnaire de l’obligation de dépôt d’une demande de « dérogation espèces protégées » en prescrivant un « dispositif anticollision » tout en chargeant l’administration d’en vérifier la fiabilité. Cette vérification doit être opérée par le juge prescripteur lui-même (Conseil d’Etat, 22 décembre 2025, n°497091). En deuxième lieu, elle a précisé que le « risque suffisamment caractérisé » – dont l’existence peut faire naître une obligation de dépôt d’une demande de dérogation – doit être apprécié, non pas à l’échelle du projet « dans son ensemble » mais par éolienne et pour des populations « recensées localement ». Si ce risque n’a pas été étudiée pour certaines éoliennes, l’administration peut refuser leur autorisation sans avoir préalablement exigé le dépôt d’une demande de dérogation (Conseil d’Etat, 22 décembre 2025, n°492940). Commentaire.

I. Rappel : la dérogation à l’interdiction de destruction d’espèces protégées

L’interdiction de perturbation de l’état de conservation des espèces protégées est de principe. La délivrance d’une autorisation de déroger à cette interdiction de principe est soumise à plusieurs conditions.

Le principe d’interdiction de perturbation d’espèces protégées. Pour mémoire, le principe d’interdiction de destruction du patrimoine naturel protégé est inscrit à l’article L.411-1 du code de l’environnement. Aux termes de ces dispositions, les destinataires de ce principe d’interdiction de destruction sont : les sites d’intérêt géologique ; les habitats naturels ; les espèces animales non domestiques ou végétales non cultivées ; leurs habitats. Il importe de souligner que le terme « destruction » doit être compris, dans une acception large, comme comprenant aussi, « altération » ou « dégradation ».

• l’absence de « solution alternative satisfaisante » ;
• l’absence de nuisance pour le « maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle » ;
  
• la justification de la dérogation par l’un des cinq motifs énumérés au nombre desquels figure « c) (…) l’intérêt de la santé et de la sécurité publiques ou (pour) d’autres raisons impératives d’intérêt public majeur, y compris de nature sociale ou économique, et (pour) des motifs qui comporteraient des conséquences bénéfiques primordiales pour l’environnement ».

Par un avis n°463563 du 9 décembre 2022, le Conseil d’Etat a précisé, à la demande de la cour administrative d’appel de Douai, son interprétation des dispositions du droit positif relatives aux conditions (cf. notre commentaire de cet avis) d’une part, de déclenchement de l’obligation de dépôt d’une demande de dérogation à l’interdiction d’espèces protégées, d’autre part, de délivrance de cette dérogation, une fois demandée.

II. Le juge administratif n’a pas le droit de dispenser un pétitionnaire de l’obligation de dépôt d’une demande de « dérogation espèces protégées » en prescrivant un « dispositif anticollision » dont il charge l’administration d’en vérifier la fiabilité (Conseil d’Etat, 22 décembre 2025, n°497091)

Par une décision n°497091 du 22 décembre 2025, le Conseil d’Etat a jugé que le juge administratif, saisi d’un recours en annulation de l’autorisation environnementale d’un parc éolien, ne peut pas écarter le moyen tiré du défaut de dérogation espèces protégées au motif qu’il prescrit lui-même un dispositif anticollision dont il charge cependant l’administration d’en vérifier la faisabilité.

L’arrêt de la cour administrative d’appel de Lyon qui était l’objet du pourvoi est ainsi annulé car il lui appartenait à la cour « de s’assurer de ce que les prescriptions qu’elle avait imposées au pétitionnaire présentaient des garanties d’effectivité telles qu’elles permettaient de diminuer le risque pour les espèces au point qu’il apparaisse comme n’étant pas suffisamment caractérisé (..) »

La décision précise :

« 5. Il ressort des énonciations de l’arrêt attaqué que pour écarter le moyen tiré de ce qu’une dérogation  » espèces protégées  » était requise, la cour, lorsqu’elle a examiné les risques pour l’avifaune migratrice ou hivernante, et tout particulièrement pour le milan royal et la cigogne noire, après avoir affirmé que les différentes mesures prescrites par l’arrêté du préfet, compte tenu de leur nature et de leur ampleur limitée, ne permettaient pas de passer à un risque d’impact globalement faible, a, en tenant compte d’une note de propositions de la société X. produite, après l’édiction de l’arrêté attaqué devant elle, modifié elle-même les prescriptions fixées par l’article 6.1 de l’arrêté attaqué, en imposant l’installation, sur l’ensemble des éoliennes, d’un dispositif  » anticollisions « . Elle a toutefois, dans un second temps, subordonné la mise en service du parc à une validation préalable par l’autorité administrative de la fiabilité du système  » anticollision  » qui devait être ainsi mis en place. En renvoyant à l’administration le soin de vérifier la fiabilité d’un dispositif qu’elle avait elle-même prescrit, alors qu’il lui appartenait de s’assurer de ce que les prescriptions qu’elle avait imposées au pétitionnaire présentaient des garanties d’effectivité telles qu’elles permettaient de diminuer le risque pour les espèces au point qu’il apparaisse comme n’étant pas suffisamment caractérisé, la cour administrative d’appel a méconnu son office.

6. Il suit de là, sans qu’il soit besoin d’examiner les autres moyens, dès lors que la cour s’est fondée sur le motif erroné en droit rappelé ci-dessus pour relever, par ailleurs, que le projet ne portait pas atteinte aux intérêts protégés par l’article L. 511-1 du code de l’environnement, que l’arrêt de la cour administrative d’appel de Lyon doit être annulé. » (nous soulignons)

III. Le « risque suffisamment caractérisé » doit être apprécié, non pas à l’échelle du projet « dans son ensemble » mais par éolienne et pour des espèces « recensées localement » (Conseil d’Etat, 22 décembre 2025, n°492940) 

Par une décision n°492940 rendue ce 22 décembre 2025, le Conseil d’Etat a apporté deux précisions importantes quant à la méthode d’appréciation du « risque suffisamment caractérisé » qui constitue l’une des conditions de naissance de l’obligation de dépôt d’une demande de « dérogation espèces protégées ».

Dans cette affaire, une société développement d’un parc éolien avait demandé à la cour administrative d’appel de Douai, principalement, d’annuler une décision préfectorale de refus d’autorisation pour les deux éoliennes. Par un arrêt du 1er février 2024 contre lequel la société précitée a introduit un pourvoi, la cour administrative d’appel de Douai a rejeté sa requête.

Le Conseil d’Etat a rejeté ce pourvoi, pour deux motifs principaux.

En premier lieu, la Haute juridiction administrative a jugé que le risque d’atteinte à la conservation d’espèces protégées ne doit pas être uniquement apprécié à l’échelle du projet de parc éolien dans son ensemble mais, aussi, à l’échelle de chaque éolienne. Dans la présente affaire, deux éoliennes, en raison de leur distance à une haie peuplée de chauves-souris, dont les effectifs se sont « effondrés » créaient un « risque suffisamment caractérisé ».

« 4. La cour a relevé qu’il ressortait des pièces du dossier, en particulier de l’étude chiroptérologique, que, si le projet éolien, dans son ensemble, se situait dans une zone agricole de faible enjeu pour les chauve-souris et comportait des risques résiduels globalement faibles pour celles-ci, les deux éoliennes en litige, E 4 et E 7, se trouvaient à 80 mètres d’une haie, pour la première, à 150 mètres d’une haie et 200 mètres d’un boisement, pour la seconde, ces habitats étant à l’origine d’une présence importante de chauves-souris. Elle a également relevé que l’étude montrait l’existence d’un axe de déplacement le long de la haie, depuis le boisement, au sud de l’éolienne E 7 et que, parmi les six espèces protégées de chauves-souris recensées sur le site, figurait la Pipistrelle commune, dont la mission régionale de l’autorité environnementale a fait valoir, dans son avis du 6 février 2020, que les effectifs s’étaient effondrés au cours des dernières années.« 

En deuxième lieu, le Conseil d’Etat a jugé qu’en raison de l’existence de ce risque suffisamment caractérisé pour des populations de chiroptères « recensées localement », le pétitionnaire aurait dû déposer une demande de dérogation « espèces protégées » pour ces deux éoliennes.

« 5. Sur la base de ces constatations non entachées de dénaturation, la cour a pu, sans erreur de qualification juridique des faits ni erreur de droit, par un arrêt suffisamment motivé sur ce point, regarder comme suffisamment caractérisé le risque que comportent les deux éoliennes en litige pour les populations de chiroptères recensées localement, en particulier pour la Pipistrelle commune, en dépit de la principale mesure de réduction du risque proposée, puis renforcée, par la société pétitionnaire et tenant à la mise en œuvre d’un plan de bridage. Dès lors que la société pétitionnaire n’avait pas sollicité auprès de l’autorité administrative, pour les deux éoliennes litigieuses, le bénéfice du régime dérogatoire prévu à l’article L. 411-2 du code de l’environnement, la cour a pu, sans erreur de droit, juger légal le refus de les autoriser opposé par les préfets sur le fondement de l’article L. 511-1 du code de l’environnement, alors même qu’il ne résultait pas de l’instruction que le projet aurait porté à la conservation de ces espèces une atteinte faisant obstacle à toute possibilité de dérogation. » (nous soulignons)

Il est important de souligner que, dans cette affaire, le projet aurait peut être pu faire l’objet d’une dérogation espèces protégées. Le pétitionnaire aurait donc dû déposer une demande de dérogation. La décision ici commentée est ici importante en ce qu’elle démontre que, pour le Conseil d’Etat, l’administration n’est pas tenue de solliciter le dépôt d’une telle demande de dérogation : elle peut, directement, opposer au pétitionnaire un refus d’autorisation environnementale.

Arnaud Gossement

avocat et professeur associé à l’université Paris I Panthéon-Sorbonne

A lire également : 

Note du 27 novembre 2025 – Dérogation espèces protégées : qu’est ce qu’une « solution alternative satisfaisante » ? (Conseil d’Etat, 21 novembre 2025, Association Bien vivre à Replonges, n°495622)

Note du 10 janvier 2025 – Dérogation espèces protégées : sa nécessité peut être examinée à tout moment et pas seulement lors de l’examen d’une modification substantielle de l’installation(Conseil d’Etat)

Note du 15 juillet 2024 – Dérogation espèces protégées : le risque d’atteinte doit être étudié à tout moment (Conseil d’Etat, 8 juillet 2024, n°471174)

Note du 10 janvier 2022 – Dérogation espèces protégées : le principe d’interdiction de destruction s’applique aux habitats artificiels et à tout moment (tribunal administratif de Lyon, 9 décembre 2021, n°2001712)

cabinet d’avocats en droit de l’environnement / avocat en droit de l’environnement / cabinet d’avocats en droit de l’énergie / avocat en droit de l’énergie